NIK określiła wiele nieprawidłowości w zakresie poszukiwania i rozpoznawania złóż gazu łupkowego w Polsce, a wśród nich wymienia m.in.: 

- opóźnienia w związku z tworzeniem i nowelizacją prawa dotyczącego poszukiwania i wydobywania węglowodorów, w tym gazu z łupków, jak i przepisów w zakresie opodatkowania kontrolowanej działalności;

- brak powołania ustanowionego rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 22 czerwca 2012 r. Pełnomocnika Rządu do spraw rozwoju wydobywania węglowodorów. Jego zadaniami miały być m.in.: przygotowywanie koncepcji ekonomicznych, prawnych i strategicznych oraz inicjowanie, koordynowanie i monitorowanie działań związanych z poszukiwaniem, rozpoznawaniem i wydobywaniem gazu z łupków;

- brak odpowiedniej organizacji prac w zakresie poszukiwania gazu łupkowego w resorcie środowiska – przykładowo w Departamencie Geologii i Koncesji Geologicznych sprawami dotyczącymi koncesjonowania poszukiwań złóż gazu z łupków zajmowały się w latach 2007–2012 tylko trzy osoby;

- nierzetelność i przewlekłość prowadzonych przez resort środowiska działań administracyjnych w sprawie udzielenia (zmiany, przeniesienia) koncesji na poszukiwanie i (lub) rozpoznawanie gazu z łupków; 

- przyjęty przez ministra środowiska sposób udzielania koncesji każdemu z przedsiębiorców według wnioskowanego zakresu umożliwił rozdysponowanie całego obszaru koncesyjnego, ale zablokował na co najmniej kilka lat dostęp innym przedsiębiorcom zainteresowanym poszukiwaniem gazu z łupków. To może wpłynąć na spowolnienie procesu rozpoznania zasobów;

- wykonane dotychczas działania nie pozwalają na podanie wiarygodnych szacunków co do zasobności złóż gazu łupkowego;

- resort środowiska niewystarczająco uregulował proces pobierania i postępowania z próbkami geologicznymi, które są pozyskiwane w wyniku wykonywanych otworów wiertniczych;

- brak rzetelnego nadzoru urzędów górniczych nad przestrzeganiem przez przedsiębiorców przepisów w zakresie ochrony środowiska, wynikających z koncesji i innych decyzji administracyjnych;

- niewystarczający nadzór ministra środowiska, Państwowego Instytutu Geologicznego (PIG-PIB) i Wyższego Urzędu Górniczego (WUG) nad podległymi jednostkami i komórkami organizacyjnymi w zakresie zagadnień związanych z poszukiwaniem i (lub) rozpoznawaniem złóż gazu łupkowego;

- nierzetelność przedsiębiorców w zakresie wykonywanych przez nich działań w zakresie udzielonych im koncesji na poszukiwanie i/lub rozpoznawanie. Główne zarzuty NIK odnosi do niewykonywania prac geologicznych lub przystępowania do ich realizacji z wielomiesięcznym opóźnieniem, nieterminowe i niewłaściwe naliczanie oraz wnoszenie opłat koncesyjnych na rzecz NFOŚiGW i gmin.